内部控制应当遵循一定的原则，这些原则包括：

（一）合法性原则

内部控制活动必须符合国家有关法律法规和公司章程的规定，包括《公司法》、《会计法》，以及财政部发布的《内部会计控制规范》等等。例如《会计法》规定：各单位应当建立健全内部会计监督制度，并对其具体内容作出了规定。各单位在建立内部控制制度时，应当符合法定要求。否则，便会被视为违法，这样既有损企业经济利益（被给予处罚），而且也不利于提高企业的管理水平。

（二）相互牵制原则

就是指对一项完整的经济业务，必须分配给具有两个或两个以上的职位或人员分别完成，从而形成相互制约。其理论依据在于，几个人发生同一错弊而不被发现的概率是每个人发生该项错弊的概率的连乘积，因而将降低误差率。《会计法》规定：“记账人员与经济业务事项和会计事项的审批人员、经办人员、财物保管人员的职责权限应当明确，并相互分离、相互制约”。这就体现了相互牵制原则。相互牵制原则贯穿于内部控制的全过程。

（三）程式定位原则

是指在建立内部控制制度时，应该根据各岗位业务性质和人员要求，相应地赋予作业任务和职责权限，规定操作规程和处理手续，明确纪律规则和检查标准，以使职、责，权、利相结合。岗位工作程式化，要求做到事事有人管，人人有专职，办事有标准，工作有检查，以此定奖罚，以增加每个人的事业心和责任感，提高工作质量和效率。

（四）系统全面原则

内部控制是一个系统，其内容涉及单位的各个部门、生产经营的各个环节。系统全面原则要求，一方面，内部控制的内容应当全面，不能遗漏，否则便会被不法份子“趁虚而入”：另一方面，内部控制的各部分内容应当相互协调，相互配合，形成有机系统。如果内部控制内部存在矛盾，便会使执行者无所适从。

（五）成本效益原则

成本效益原则要求以最小的控制成本取得最大的控制效果。实施内部控制的单位应当对内部控制成本和由此而产生的经济效益进行权衡，如果效益大于成本，便应该建立相应的内部控制制度，否则，便得不偿失。也就是说，一项内部控制制度既要有利于加强企业管理，但也不能阻碍企业的经营活动。

（六）重要性原则

重要性原则要求单位的内部控制应当区别其重要程度，采用不同的控制程序和方法。对于重要的控制项目，控制程序应当更加严密。反之，则可以适当简化。例如在财务收支审批中，对于超过一定金额标准的费用支出或者需要重点管理的费用支出可由总经理亲自审批，一般费用支出可由总经理授权其他人员审批。