目前会计界对内部控制目标的研究缺乏针对性。一般都在内部控制的定义中对内部控制目标加以笼统阐述。在现代企业中，内部控制主体包括董事会、经理人、管理者和广大职工。内部控制目标应该针对控制主体不同存在差异。

1、以董事会为主体的内部控制目标。

在公司治理结构中，董事会既是股东代表，也是企业的经营决策者，因此，其内部控制的目标既包括对外目标，也包括对内目标，对外目标是实现股东利益最大化（如英国和美国）或利益相关者利益最大化（如日本、德国）。对内目标是保证公司经营的有效性和合法性、保护公司财产安全、保证会计信息的真实和完整。

由于董事会的双重身份，两个目标时常会发生冲突，董事会在内部控制结构中就显得尤为重要。然而，目前董事会在很大程度上掌握在“内部人”手中，经营者实质上控制了董事会，作为股东代表的控制目标很难实现，损害广大股东的利益也就不足为奇，因此应该对董事会的职责和人员组成进行改革。

2、以经理人为主体的内部控制目标。

经理人受聘于董事会，是经营执行者，是法人之代理人。因此，其内部控制的主要目标就是完成董事会的各项受托责任，包括：保证公司经营的有效性和合法性、保护公司财产安全、保证会计信息的真实和完整。该内容与董事会的内部控制目标基本一致。

3、以管理者为主体的内部控制目标。

管理者是企业内部各个责任中心的负责人，是经营者的受托人。其内部控制的目标主要是完成各项责任目标。

4、以职工为主体的内部控制目标。

职工是企业中委托代理关系的最后一层，其内部控制的主要目标就是完成其岗位责任。

总之，内部控制体系由上述四个层次共同构成。在四个层次中，以董事会为主体的内部控制处于最高层次，同时，由于董事会是企业的法人代表机构，董事会的内部控制目标代表着企业的内部控制目标，也是其他控制主体的直接或终极控制目标。